魔术师与英灵为夺取能如愿所偿的愿望机“圣杯”而展开圣杯战争。日本的第五次圣杯战争结束后的几年，在美国西部的城市雪原市被观测到有新的圣杯战争预兆，集结的魔术师与英灵……缺失的职阶，无法被选中的英灵，暗中涌动的国家，为战斗造起来的城市。
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本作将讲述与“结”有关的都市传说。
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路——围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
灰迴航一是個有過英雄夢，現在卻已放棄的平凡大學生。然而這樣的他，卻暗地裡穿著扮成歐爾麥特的服裝，假裝自己是職業英雄熱心助人並樂此不疲。過著一天天平凡日子的航一，有天卻遇上了未經許可在街頭辦演唱會的自稱偶像．POP☆STEP與自稱「專門清理垃圾的清道夫」的神秘面具男．手指虎，並捲了「義警團」的行動之中。以非法方式拯救人們的他們，是擾辭秩序的犯罪者，又或者是正義的自警團。「非法英雄」「義警團」的故事就此展開－!
