故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
发气扬扬！赌上梦想的男子汉们的激斗开始了——出现在弱小的大太刀高中相扑部的新生，“小小”少年·潮火之丸！这名新部员的体格与以“巨大”“沉重”为绝对的竞技完全不合，但却拥有非同寻常的过去！？火之丸与弱小相扑部攻进的顶点之路——超白热高中相扑，开幕！！
想要抓住尚未见过梦想的春日未来。憧憬成为偶像的最上静香。不知晓全力以赴能获得什么的伊吹翼。被偶像的光芒给引导的3人所等待她们的是全新的伙伴。当39位偶像一同向 "梦想" 伸出手抓住的时候，剧场将诞生出百万的光芒！
当发现皇帝最宠爱的妃子玉波公主怀孕时，猫猫重返玉宫，继续担任试毒师。他们整天警惕着，试图阻止针对皇后和皇帝孩子的事件再次发生。新贵妃柔然入宫，她的父亲是前任皇帝时代的一位高级藩王；一桩史无前例的悬案威胁着仁慈的生活；而嫌疑人翠玲却失踪了。就在气氛紧张之际，一支来自异国的商队，甚至还有提出无理要求的特使到来。宫殿之中，云雾开始变得更加阴暗。一个新的棘手案件等待着猫猫和仁史。这些事件最终都会发展成为涉及整个国家的大事件。
从五次元而来的邪恶军团“嘉克帝国”开始准备进攻地球了。而阻挡他们的是从古代开始就保护地球的艾鲁多兰和他所驾驶的雷神王。可是，雷神王被帝国的司令官贝路塞夫卑鄙的手段所伤，而坠落到地球……雷神王坠落到阳升学园里，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属托付给5年3班的学生后逝去……就这样，只有小学生参加的「地球防卫组织」成立。第二天，嘉克帝国的机器人废气邪恶兽·艾提索斯出现。这时，学生们手中的雷神金属闪耀出光芒，当白鸟玛丽亚将雷神金属放到课桌上时，教室变成了司令部。三位学生日向仁、月城飞鸟和星山吼儿成为了剑王、凤凰和兽王的驾驶员，出击迎战“嘉克帝国”的邪恶兽。在战斗中，小岛勉发现三台机器人可以合体，三人最后合体成雷神王，成功地打倒了邪恶兽。就这样，小学生组成的「地球防卫组织」和邪恶的嘉克帝国的战斗开始了……
