日军入侵中国后，民不聊生，乡下青年陈真（甄子丹 饰）带着妹妹小燕一起来到了繁华的上海讨生活。来到上海后，陈真当了一名黄包车夫，而小燕则进入了一间医院当护士。陈真每天都会拉和小燕在同一间医院当护士的日本姑娘武田由美（万绮雯 饰）上下班，两人渐渐坠入了爱河。陈真爱好武术，闲时经常自己照着书上的招式练习，一次偶然机会他的身手被青帮老大蔡六斤发现，于是被招进了青帮当打手。

卓一航文武双全，获太子赏识提拔入宫。练霓裳为野狼所养，后得剑客凌慕华传授剑艺，出手狠辣，被冠以「玉罗刹」之外号。一次练被朝廷高手围剿受伤，幸得卓出手相救，并对其悉心照料。练初尝真情，深深受到打动，更向其表白爱意，惟卓因未能摒弃门户之见而拒之，练伤心不已。后卓再遇练，终为练之真情感动。二人更联手对抗奸臣魏忠贤及东西厂特务。一次，卓被师兄挑拨而与练对敌，更出手伤她，练肝肠寸断，伤心至一夜白头。卓悔咎不已，决抛一切功名找练，惜为时已晚，练已飘然远去.....

柏飞（陈山聪饰）、姜曦文（刘佩玥饰）、刘力（林子善饰）投身警队后师从罗友邦，四师徒感情深厚。三年前的追捕行动，友邦殉职、刘力重伤，曦文归咎于柏飞急功近利引致悲剧，友情破裂。一宗连环谋杀案再将柏飞、曦文联系起來，卧底温嘉莉（刘颖镟饰）奉命混入犯罪集团，却重遇前男友招俊朗（张振朗饰），关系纠缠不清。柏飞、曦文接二连三收到神秘讯息提示，上级遂将两组探员合并成神秘讯息情报科，侦查多宗扑朔迷离的命案。由手机助理发出的提示为何每每能引领团队超前破案，「她」是敌是友？

这次故事的舞台发生在海关入境处。作为入境处总入境助理的方浚杰（郭晋安 饰）一直以来都安于现状，因为曾经和上司麦启铭（姜大伟 饰）发生过冲突，对升值也不再抱有希望。和在深圳相识的内地女子张思敏（姚嘉妮 饰）结婚，终于等来了申请成功，本以为就此可以一家团聚的浚杰，却因为大嫂对妻子的排挤，矛盾颇多。为家务事烦恼的浚杰接到了更大噩耗是，妻子居然多年前曾在香港犯案，这让正义感颇强的浚杰无法接受。在妻子离开的过程中，浚杰的同期好友叶安琪（蒙嘉慧 饰）对他照顾有加，在这当中，浚杰同安琪的感情在滋长。而后，浚杰又认识了港口管制组入境主任欧顺风（邓健泓 饰），从误会到冰释前嫌，二人迅速结为好友。而浚杰也也迎来了其事业的转机…

面对一个个错综复杂的悬疑案件，法证部高级化验师余星柏（黄宗泽 饰）、重案组高级督察井浩然（袁伟豪 饰）、法医科高级医生范佩清（蔡洁 饰）三人团将如何一步步抽丝剥茧，在危机四伏的谜团中，用科学揭露事实寻觅真相？在面临生死时，他们又将如何坚守本心，完成对自我和他人的救赎？一切答案都将在本季剧集中揭晓。

O记沙展天宝（林宝怡 饰）在酒吧重遇了当日杀死妻子刑满释放的道友强，忍不住将打得他重伤入院。随后，城中富商纪中南（曾江 饰）的独子彦祖（马浚伟 饰）遭绑架，天宝在监视绑匪刘英勇的情妇石小玉时发现了他们收藏人质的地点，马上前往营救人质。匪徒在收到了赎金后得知了天宝正在前往营救人质，于是企图引爆炸弹将他和人质炸死，幸好天宝最后关头救出了彦祖。纪中南十分感激天宝，两人成了朋友。这日宝在差馆再遇道友强，借落口供又打了他一顿，岂料因此而被逼自动辞职。好友正杰（张兆辉 饰）邀请天宝加入自己的保安公司，但天宝觉得不合适拒绝了。随后，天宝想自己做生意却又处处碰壁。这天，纪中南想请保镖，正杰知道天宝和他的关系，于是请天宝前往纪中南处为自己的公司作推荐。